20XX年　新春　東京

その超人的な能力で、幾多の敵と戦って来た
特務隊「エクス」――

彼らの活躍によって、世間を騒がせた怪奇事件は
すでに過去の話となっていた

彼らの日常は、ついに戦いから
解き放たれるかに思われた

――しかし、異変は突如として訪れる

天空に現れた推定全長3,000kmを超える謎の物体

「エンブリオ」

これは終末の兆しか、それとも福音なのか……

世界中が騒然とする中、事態を重く見た国連は
CPOへ協力を要請

「エクス」による大規模突入作戦が行われた

勝利は目前に思えた、その時――